En 1688, Louvois, secrétaire d’Etat à la guerre de Louis XIV créa le Dépôt général de la Guerre. L’administration de la Marine montra rapidement le même souci pour la conservation de ses archives que l’avait manifesté auparavant celle de la Guerre, en créant en 1720 le Dépôt des cartes et plans, ancêtre de l’actuel Service hydrographique.

Sous l’impulsion du jeune géographe de cabinet Jacques-Nicolas Bellin nommé à sa tête, les missions de l’institution se diversifièrent rapidement : de simple lieu de conservation, il devint aussi un lieu de production de cartes. Durant ce demi-siècle, la bibliothèque du Dépôt s’enrichit rapidement d’ouvrages et d’atlas manuscrits, dont un nombre important de documents prestigieux offerts au roi et aux ministres, ainsi que d’une collection de documents cartographiques.

L'essentiel de ce fonds a été réparti dans les années 1940 entre trois institutions : le département des cartes et plans de la Bibliothèque nationale, le fonds ancien des archives de la Marine aux Archives nationales et enfin le Service historique de la Marine.

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