Ainsi, comme en a témoigné la faible adhésion des partenaires attendus, la version initiale de CartoMundi a rapidement montré ses limites.
Tout d’abord, les établissements qui travaillent dans le SUDOC sont partagés entre deux options : d’une part, l'intégration de leurs cartes dans le SUDOC, qui permet d'accéder aux outils de gestion associés (prêts aux étudiants en particulier), mais présentent d'indéniables faiblesses structurelles, pour les cartes en série en particulier, d’autre part, une participation à CartoMundi, plus aisée à mettre en œuvre, plus efficace côté lecteur mais qui n'offre pas les outils nécessaires à la gestion au quotidien. En l’état actuel, il n’y a pas de bon choix entre ces deux options.

Ensuite, pour environ la moitié des séries, la préparation des tableaux d’assemblage géoréférencés doit être réalisée par un géomaticien. Or, cette compétence est totalement absente des cartothèques françaises et plus généralement en Europe (ce qui n’est pas le cas en Amérique du nord).

Enfin, au début des années 2000, la technique du mashup, qui permet de naviguer dans un planisphère sur lequel est nappé un tableau d’assemblage, était alors assez récente pour être peu développée par les logiciels libres. Pour cette raison, une part importante de CartoMundi fonctionne avec des logiciels propriétaires devenus obsolètes depuis quelques années déjà. En dix ans, les logiciels libres ont effectué d’importants progrès, ainsi, il est prévu de faire fonctionner la nouvelle plateforme sur la base de logiciels libres.
Dans ce contexte, nous nous sommes tout d’abord rapprochés de l’ABES. Il a été convenu que CartoMundi deviendrait l’interface du SUDOC pour cataloguer les documents cartographiques et qu’une passerelle permettrait de transférer les données entre les deux systèmes.

    Ce mode d’organisation a d’importantes incidences sur l’organisation de CartoMundi. Tout d’abord, le format de description des documents s’est enrichi pour nous permettre de fournir des notices en unimarc au SUDOC. Cette transformation aura pour effet d’alourdir la saisie des données mais il restera possible de choisir entre des notices unimarc et des notices CartoMundi, appréciées pour leur légèreté, pour les documents qui n’ont pas vocation à être exposés dans le SUDOC. Par ailleurs, la nouvelle version prendra en charge tous les types de documents cartographiques, qu’il s’agisse de séries ou bien de monographies.